El PRICAI cuenta con un equipo de secuenciación de ADN automático de última generación marca Perkin Elmer. Es un sistema capaz de determinar secuencia de bases, tamaño de fragmentos, o cantidad relativa de fragmentos marcados con oligonucleótidos fluorescentes.

En el área de medicina legal, esta tecnología nos permite el análisis de mayor número de marcadores genéticos de ADN nuclear en menor tiempo, aumentando la eficiencia de trabajo y el nivel de seguridad de los estudios. Es además la metodología utilizada en el PRICAI para el análisis de la secuencia del ADN mitocondrial.

En Histocompatibilidad, la secuenciación directa de los genes del CMH es el máximo nivel de resolución que se puede lograr para una tipificación HLA, siendo la única forma de discriminar alelos que no pueden ser diferenciados por otros métodos de tipificación. En el PRICAI se realiza secuenciación de los loci A, B, C, DRB, DQ y DP del Complejo Mayor de Histocompatibilidad Humano.